1、钙性结石小儿尿石症中最通常的是草酸钙，可能找不出任何原由，也可能并发于高钙血症，如甲状旁腺功能亢进、类赘瘤并长期卧床、维生素D过高等。血钙正常而有高尿钙症可见于给速尿（在新生儿可产生结石）或未能控制的远端肾小管酸中毒、完全胃肠道外营养或碱中毒。在尽大大部分病人，高尿钙症引发结石产生是原由不明。有时小儿有高尿钙症在第一块结石检出以前常已有数年的反复肉眼血尿及腰痛，故小儿有反复肉眼血尿时须检查尿钙量。正常的最高限度是4mg/（kg·24h）或尿钙/肌酐比值大于0。25。草酸钙结石可发生于患小肠病变及肠道吸收障碍的小儿，因结肠再吸收过多的草酸盐所致。原发性高草酸尿症常始于4～5岁前可产生肾结石及肾钙化，呈进行性传播疾病程以致发生肾衰。

2、胱氨酸结石胱氨酸结石约占泌尿系结石的1%，是先天遗传性的肾小管功能缺陷性疾玻因肾小管对胱氨酸、赖氨酸、精氨酸和鸟氨酸的重吸收不好的，以致尿内的浓度过高，仅胱氨酸能产生结石。

3、被传染性结石能分解尿素的细菌（如革兰阳性的变形杆菌、绿脓杆菌和克来杆菌）所引起的泌尿系被传染导致尿碱化及产生过多的氨引发积坠成磷酸钙胺和磷酸钙结石。该结石作用以异物引起阻塞，结石也常与细菌密切相关致使持续出现尿路被传染。患者有被传染性结石也可有代谢异常故易罹患结石。